Генетическое разнообразие ВКЭ в Восточной Сибири
ВВЕДЕНИЕ
Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ) – возбудитель тяжелого заболевания центральной нервной системы (ЦНС) человека. ВКЭ относится к роду Flavivirus, семейству Flaviviridae. Вирус представляет собой оболочечный вирус с (+)РНК геномом длиной около 10500 нуклеотидных остатков. Молекула РНК одноцепочечная, кодирует три структурных белка: капсида C, мембранный M, который экспрессируется как предшественник prM, оболочечный E; и семь неструктурных белков – NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4А, NS4B, NS5 [Tkachev et al., 2022].На основе филогенетического анализа оболочечного протеина Е было выделено три субтипа ВКЭ: сибирский (ВКЭ-Сиб), европейский и дальневосточный. Также описано два предполагаемых субтипа ВКЭ: байкальский и гималайский. Выделенные субтипы имеют различия в географической распространенности, вирулентности, а также нуклеотидных (14,6–16,5%) и аминокислотных (5,0–6,8%) последовательностях их полипротеинов.
Содержание
ВВЕДЕНИЕ
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Пути передачи ВКЭ 1.2 Статистика и этиология заболевания
1.3 Строение вируса
1.4 Субтипы ВКЭ 1.5 Секвенирование Illumina MiSeq2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Штаммы ВКЭ 2.2 Полимеразная цепная реакция
2.3 Электрофорез в агарозном геле
2.4 Приготовление РНК-библиотек
2.5 Таргетное обогащение библиотек
2.6 Биоинформатическая обработка NGS данных и сборка геномов вируса клещевого энцефалита
2.7 Анализ последовательностей ВКЭ3 РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Результаты скрининга методом ПЦР и электрофореза
3.2 Результаты биоинформатического анализа
ВЫВОДЫ
Не найдено
Вирусный клещевой энцефалит – это заболевание, поражающее центральную нервную систему человека. Заболевание относится к природно-очаговым инфекциям, так как распространение вируса связано с ареалом обитания его природных резервуаров. Резервуарами и переносчиками являются иксодовые клещи, а также мелкие животные-носители, в организме которых вирус сохраняется и размножается, не вызывая явных признаков заболевания. К таким животным относятся мелкие млекопитающие – грызуны и некоторые насекомоядные, а также зайцы, олени, лисы, кабаны. Некоторые виды иксодовых клещей нападают на птиц и мигрируют с ними на большие расстояния, что приводит к распространению вируса и к образованию новых очагов инфекции.В большинстве случаев ВКЭ передаётся трансмиссивным путём, т.е. с помощью клещей-переносчиков. Всего описано восемнадцать видов иксодовых клещей, связанных с циркуляцией вируса. Однако основными переносчиками в России являются европейский лесной клещ Ixodes ricinus и таёжный клещ Ixodes persulcatus, а также луговые клещи рода Dermacentor. Их ареал обитания совпадает с территориями, на которых были зарегистрированы случаи клещевого энцефалита. Например, таёжный клещ обитает в средней и южной тайге, широколиственных лесах и в лесостепи, не выходя за пределы территории России. Европейский лесной клещ встречается на территории Западной и Центральной Европы, на полуострове Крым, в Африке и на Ближнем Востоке.