Изучение механизмов возникновения резистентности к антимикробным средствам бактерий рода enterococcus, циркулирующих на птицефабриках
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность проблемы
Энтерококки составляют неотъемлемую часть кишечной микрофлоры многих беспозвоночных, птиц и млекопитающих, включая человека [48]. Роль энтерококков заключается в поддержании микробного гомеостаза, стимуляции иммунной модуляции и предотвращении развития инфекций патогенными бактериями и вирусами [49]. С другой стороны, энтерококки, в частности Enterococcus faecalis, все чаще занимают лидирующую позицию в этиологии различных заболеваний, в том числе инфекций мочевыводящих путей (ИМП) [50–52].
Рост заболеваемости энтерококковыми инфекциями связывают с различными факторами патогенности, в том числе с генами вирулентности, которые могут инициировать инфекционный процесс [53].
В США энтерококки являются третьей по частоте причиной бактериемий [47].
Энтерококки являются значимыми возбудителями нозокомиальных инфекций, в первую очередь в отделениях реанимации и интенсивной терапии.
СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ………………………………………………………………………..4
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ …………………………………………..…10
1.1. Общая характеристика бактерий рода Enterococcus...……………..……..10
1.2. Экология бактерий рода Enterococcus ………..…..……………………….13
ГЛАВА 2. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ……………………………...16
2.1. Материалы и методы исследования…………………………….…………16
2.2. Микробиологический метод исследования.......……………………..…....17
2.3. Биохимический метод исследования………….…………………………...18
2.4. Масс-спектрометрический метод исследования………………………….19
2.5. Методы определения резистентности микроорганизмов к антимикробным средствам……………………………………………………...24
2.5.1. Метод серийных разведений……………………………………………..24
2.6. Интерпретация результатов определения чувствительности……………26
2.6.1. Клинически чувствительные микроорганизмы (susceptible)…………..28
2.6.2. Клинически резистентные микроорганизмы (resistant)………………...28
2.6.3. Микроорганизмы c промежуточной клинической резистентностью (intermediate)……………………………………………………………………..29
2.7. Молекулярно-генетические методы…………………………………….…30
2.7.1. Выделение ДНК…………………………………………………………...30
2.7.2. Измерение концентрации ДНК……………………………………….….30
2.7.3. Электрофоретическая детекция геномной ДНК………………………..30
2.7.4. Секвенирование на Miseq…………………………………………….…..31
2.7.5. Программное обеспечениe, используемые ресурсы……………………31
2.8. Подготовка микроорганизмов для исследования методом световой электронной микроскопии………………………………………………………32
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ…………...33
3.1. Выбор исследуемых антимикробных средств для бактерий рода Enterococcus………………………………………………………………………33
3.2. Выбор контрольных диапазонов и тестируемых концентраций антибактериальных соединений………………………………………………..34
3.3. Интерпретация результатов и анализ данных…………………………….41
3.4. Анализ данных………………………………………………………………42
3.5. Результаты собственных исследований…………………………………...43
3.5.1. Обнаружение и идентификация бактерий рода Enterococcus………….44
3.5.2. Энтерококки, выделенные от кур………………………………………..48
3.5.3. Устойчивость E. faecalis к ванкомицину………………………………..50
3.5.4. Сравнение с данными из США…………………………………………..51
3.5.5. Множественная клиническая устойчивость изолятов энтерококков, выделенных от птицы…………………………………………………………...52
3.6. Результаты исследований способности бактерий образовывать биопленку………………………………………………………………………...53
3.7. Результаты молекулярно-генетических исследований…………………...64
3.8. Биоинформатический анализ данных NGS………………………………..64
3.8.1. Оценка качества данных секвенирования……………………………….64
3.8.2. Сборка генома de novo………………………………………………...….65
3.8.3. Определение видовой принадлежности бактерий……………………....66
3.8.4. Поиск генетических детерминант антибиотикорезистентности……....66
3.8.5. Аннотация геномов…………………………………………………...…..68
3.8.6. Поиск факторов вирулентности………………………………………….68
ЗАКЛЮЧЕНИЕ………………………………………………………………….73
ВЫВОДЫ………………………………………………………………………...75
Список литературы не найден
Учет dfra результатов разработана проводили птицефабриках визуально, ecoff сравнивая микроорганизма рост вызванные микроорганизма в секвенирование присутствии стабильность АБП с бактерий ростом варианта культуры в указанная ячейке хозяина без другие АБП. цветом За мониторинга минимальную микробиологического подавляющую выделение концентрацию исходный принимали разработана концентрацию, значения обеспечивающую имеющих полное результатами подавление идентичность видимого custom роста проницаемость исследуемого растворения штамма.
Рис. 6. Планшет с разведениями антибиотиков и бактерией E. faecalis
Рис. 7. Контроль антибиотиков для бактерий рода Enterococcus
2.6. Интерпретация результатов определения чувствительности
белку На состав основании анализа получаемых резистентные количественных прямого данных (библиотеку диаметра соседних зоны световой подавления факторов роста библиотеки антибиотика применение или цвет значения разновидность МПК